Estás metiendo el focus listener dentro de los bucles, por lo que estás metiendo NxM listeners, uno en cada textfield. En vez de usar una clase anonima puedes crear una clase que implemente FocusListener y en el constructor ponerle el n y m correspondiente. Algo asi
Código Java:
Ver originalfor (int n ...) {
for (int m ...) {
....
this.textFieldCasilla[n][m].addFocusListener( new TuListener(n,m) );
Haz la clase TuListener dentro de la clase Main (o la que sea), no estoy seguro si así tendrá o no acceso a los demás atributos, pero sería cuestión sólo de pasarselos en el constructor si no tiene acceso. Desde luego, si la haces como una clase normal fuera de la clase Main, seguro que no tiene acceso.
Se bueno.