Eso mismo pienso yo, que por algún motivo se machaca el uno al otro y deja de funcionar... la configuración del proyecto te refieres al archivo config.yml y al parameters.yml?
En cuanto a la configuración del virtual host, algún ejemplo que me pueda servir como guía?
La configuración que tengo ahora mismo para cada proyecto es muy parecida a algo así:
Cita: <VirtualHost *:80>
ServerAdmin
[email protected]
ServerName dominio.es
ServerAlias proyectoa.dominio.es
DocumentRoot /var/www/proyectos/proyectoa/web
<Directory /var/www/proyectos/proyectoa/web>
AllowOverride All
Require all granted
</Directory>
ErrorLog /var/log/aplicaciones/proyectoa-error.log
LogLevel info
CustomLog /var/log/aplicaciones/proyectoa-access.log
</VirtualHost>
Evidentemente cada proyecto tiene su propio virtual host, lo único que cambia es que en vez de apuntar a "proyectoa" apunta a "proyectob".