checkbox checked por materia de alumno

[NSD]

Esto no hay necesidad de complicarlo, es mas, se puede hasta simplificar, la mayoria de las tareas cotidianas la base de datos puede realizarlas perfectamente sin ayuda de php, y, en muchos casos, mas rapido que este.
Por ejemplo, si en vez de dos consultas, haces una sola como esta:

Código MySQL:

SELECT 
    m.idMateria, 
    m.nombre, 
    IF(ma.idAlumno IS NULL,'','checked') AS laTiene 
FROM 
    materias m 
    LEFT JOIN materiasalumno ma 
    ON      m.idMateria = ma.idMateria 
        AND ma.idAlumno = {$idAlumno} 
ORDER BY 
    m.idProyecto ASC
 

No hace falta mas nada, en el php haces:

Código PHP:

<?php                          
    while ($row = $materias->fetch_array())
    {                                
?>
<li>
<input type="checkbox" name="<?= $row['idMateria']; ?>" id="<?= $row['idMateria']; ?>" value="<?= $row['idMateria']; ?>" <?= $row['laTiene']; ?>> <?= $row['nombre']);?>
</li>
<?php                                    
    }