checkbox checked por materia de alumno

[Alexis88]

Del modo en que lo haces, solo se imprimirán los datos que existan en la base de datos, por lo que todos tendrían que estar marcados. Lo que puedes hacer es tener una lista con los nombres de cada materia, imprimir tantos checkbox como materias hayan y las materias que se guardaron en la base de datos, tenlas en un array aparte. Luego, al momento de imprimir los checkbox, verifica si el valor que le asignas al checkbox se encuentra en el array de las materias previamente guardadas, de ser así, marcas el checkbox.

Código PHP:

<?php
$lista = array('Materia1', 'Materia2', 'Materia3');
while ($guardadas[] = $materias->fetch_array());
 
foreach ($lista as $materia){
    $checked = in_array($materia, $guardadas) ? 'checked' : '';
?>
    <input 
          type = "checkbox" 
          name = "<?=$materia?>" 
          id = "<?=$materia?>" 
          value = "<?=$materia?>"
          <?=$checked?>
    />
<?php
}
 

Con la función in_array, buscas la materia de la lista en el array de las materias guardadas en la base de datos. La función devolverá true si es que se encuentra en ella o false si no está.

Saludos