TEngo la impresión de que se están confundiendo los conceptos.
Apache es un Web Server.
PHP es un lenguaje de programacion
MySQL es un sistema de gestion de bases de datos.
Son cosas completamente independientes, que se relacionan al momento de crear aplicaciones Web... ¿Eso lo tienes claro?
Cuando creas una aplicación web, que corre soportada en el servidor Apache, puedes usar PHP en el codebehind, el cual a su vez podría realizar consultas a la base. Es así como anda la cosa.
Si eso es lo que estás haciendo, entonces será mejor que aclares a qué te refieres con "que funcionen todos juntos".
En todo caso, no son temas de este foro, sino de redes o de servidores web.
PHP: Instalación sobre sistemas Unix
REspecto a MySQL, mientras esté accesible, lo usas.