Si las redirecciones las has hecho, como dices, de forma correcta, has dado parte desde las Webmasters Tools y has modificado los enlaces internos a la nueva URL con el nuevo dominio, no te tendría que perjudicar ni preocupar en exceso este hecho, has hecho lo que estaba de tu mano.
Hasta hace un tiempo las redirecciones tardaban muchísimo en hacerse efectivas (entorno a varios meses, o más de un año).
En vez de verificar tu dominio viejo a partir de un site:viejodominio.com, verifica si al buscar una sección interior por su nombre, el título de un post, artículo, o algo así, si Google te muestra la URL del viejo dominio o del nuevo.
