Con este código puedes crear las listas con los elementos que necesites dentro de ellas. Eso sí, deberán ser los mismos en todas ellas:
Código Python:
Ver originalelementos = int(input('Elementos dentro de las listas: '))
minilistas = int(input('Cuantas listas: '))
lista = [[0] * elementos for i in range(minilistas)]
print(lista)
Luego, puedes modificar cada elemento de forma independiente. Con un simple:
lista[4][1] = 1
[[0, 0], [0, 0], [0, 0], [0, 0], [0, 1]]