Bienvenido al foro.
El problema es esto de aquí:
Código CSS:
Ver original.main-container {
height: auto;
height: 100%;
min-height: 100%;
}
Las primeras dos declaraciones sobran. La primera porque es el valor por defecto y por lo tanto es repetitivo ponerlo, y la segunda, esa altura de 100%, es lo que causa el problema. Te basta con la altura mínima —si es que la usas para algo.