software multiusuarios

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En principio, si los datos aunque sean de diferentes clientes todos van a pertenecer a la misma empresa o entidad, opino que no se necesita crear una base de datos por cliente, sólo si cada cliente fuera a ser una entidad independiente. Y sí, es técnicamente posible, yo lo he hecho.

Sospecho que tu sistema es de una empresa que tendrá varios clientes y usuarios, si es así, como mencioné antes, te sugiero una sola bd . Y para los archivos, es posible crear una carpeta por usuario junto con un gestor que sólo permita manipular los archivos de la carpeta del mismo usuario. No es muy complejo, y nuevamente, en algo que ya he hecho.

Aunque creo que sería mejor si dieras más detalles, sobre todo, de si los datos creados por estos usuarios / clientes se relacionan o se revisarán juntos.