Si tu video es de 25 fps y tu salida es de 29.97 no hay otra opción que repetir algunos cuadros por ahí, lo que produce una pequeña pausa de cuando en cuando, pero no ese rebote.
Pero si el video está entrelazado, o sea, en lugar de tomar un cuadro, toma 2 cuadros, una raya sí otra no una sí.. te puede generar problemas:
Primero busca si after effects tiene un desentrelazador. Si tienes premier busca ahí, no recuerdo cual lo trae. Creo que virtual dub también y desentrelaza esos videos problemáticos.
Cualquiera de los dos casos, Fps y entrelazado te conviene tal vez limpiar el video en cuestión. O sea, renderizar el video solito al framerate deseado, en este caso una salida digamos 30p, y ya relinkeas tu video fuente a esa versión limpia.