¿Estás seguro de que no tienes otro echo $id; dando vueltas por el código? Porque si yo hago:
Código PHP:
$resultado = array('logstatus' => 1, 'idusuario'=> 50);
echo json_encode($resultado);
Me devuelve {"logstatus":1,"idusuario":50} tal como debe ser. Tu error debe venir de otra parte del código.