Muchas gracias por contestar..no estaba seguro si era correcto crear un directorio por cada cliente.
El problema que tengo es que con cada cliente se abre un formulario (jquery ui dialog form) La persona que accede a este formulario debería poder editar los campos del formulario y ver listado (path) con los ficheros que tenga ese cliente. La unica forma que se me ocurre es cargando los ficheros de la siguiente forma:
Código PHP:
$("#archivos").load("files/directoriocliente/");
Estaría correcto??