es que el error que estas cometiendo es no meter la etiqueta form en el do while.
la tabla es cuestion de maquetación, eso depende de vos.
podrias hacer algo asi:
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<?php
$CONT =0;
do { ?>
<form action="#" name"form<?php echo $CONT; ?>" method="post">
<table>
<tr><td><p>Valor 1: </p></td><td><input type="text" name="p1" value="7,75" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 2: </p></td><td><input type="text" name="p2" value="5,50" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 3: </p></td><td><input type="text" name="p3" value="9,50" disabled></td></tr>
<tr><td><p>Valor 4: </p></td><td><input type="text" name="p4" value="" onChange="calcular_prom(this.form);"></td></tr>
<tr><td><p>Resultado: </p></td><td><input type="text" name="res" value="" ></td></tr>
</table>
</form>
<?php } while ($row_calificar = mysql_fetch_assoc($calificar)); ?>
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de esa manera todos los form tendrian nombre distintos, y te funcionaria porque la funcion recibe como aprametro el nombre del formulario para acceder a los valores.
probalo y contame