se me ocurre validar si existe el fichero con un filesize, file_exists o similar
si existe "qiere decir que ya han colocado lineas de información (en teoría)" colocar el \n al principio si no no colocar \n
Código PHP:
if ($existe)
$data = "\n$keyword,$url,$clics_totales";
else
$data = "$keyword,$url,$clics_totales";