En tu otro post
http://www.forosdelweb.com/f96/leer-fichero-c-1100018/ te resolví el ejercicio de leer por lineas y tokenizar los datos, aun asi sigues leyendo caracter por caracter.
Pon un poco de tu parte: prueba por lo menos a leer por lineas y a encontrar un patron que te sirva para serializar la carga de datos. Te comento por encima: ya conoces la funcion strtok, y si has revisado el codigo que te puse en el otro post tambien sabes como funciona esta funcion. Con esto y sabiendo que en las lineas de matricula esperas encontrar un inicio de parentesis, puedes definir un patron tal que: tokenizar por apertura de parentesis, si existe contenido será la parte <nia>,<grado>, tokenizas esta primera parte por comas y obtienes 'nia', y 'grado'; luego te queda la segunda parte <asign_0><asign_1>...<asign_n>), trimas el cierre de parentesis y tokenizas por comas obteniendo la lista de asignaturas. Ya has obtenido todos los datos.
Lo siguiente es crear la lista de structs: si solo estas haciendo un ejercicio puedes definir un array de estructuras de longitud estatica e ir escribiendo; si estas haciendo una aplicacion comercial te convendría adentrarte en la memoria dinamica (reserva, acceso y liberacion), para esto te será util qualquier tutorial de listas enlazadas simples.
Personalmente comenzaria por el serializado de carga (leer linea, tokenizar, y diferenciar datos). Luego ya decidiras como guardas esos datos obtenidos.
En este foro puedes encontrar muchos threads que tratan de los mismo, es cuestion que pierdas unos minutos buscando y revisando los codigos propuestos.
Saludos
vosk