con regla de tres simple debería salir sin problemas
Código PHP:
<?php
$con = mysql_connect("localhost","prueba","123");
if (!$con) {
die('Could not connect: ' . mysql_error());
}
mysql_select_db("prueba", $con);
$query = mysql_query("SELECT nombre, votos FROM candidatos");
$numreg=mysql_num_rows($query); //total de registros
$category = array();
$category['name'] = 'nombre';
$series1 = array();
$series1['name'] = 'votos';
while($r = mysql_fetch_array($query)) {
$category['data'][] = $r['nombre'];
$porcentaje=($r['votos']*100)/$numreg; //hacemos la regla de 3 simple
$series1['data'][] = $porcentaje;
}
$result = array();
array_push($result,$category);
array_push($result,$series1);
print json_encode($result, JSON_NUMERIC_CHECK);
mysql_close($con);
?>
Saludos.