Buenas:
No te has fijado lo que pone la documentacion:
http://www.php.net/manual/en/function.imagejpeg.php
En el segundo argumento tienes la opcion de guardarla a un archivo. Fijate que en un ejemplo de mas abajo luego tienes que liberar el flujo para que la imagen no vaya al cliente (imagedestroy).
Piensa en lo que ha dicho jonni09lo, si lo que quieres es crear la imagen y guardarla para luego poder acceder a ella de otra forma...o muy diferente es crear la imagen dinamicamente cada vez que se pida. No es lo mismo.
Saludos.