Tengo las mismas dudas,
pero con la diferencia que en mi caso tengo un Vps en godaddy, con centos y cpanel,
nose si debo instalar el certificado SSl a la Ip del Vps, o a cada dominio por separado,
El error que siempre sale, cuando entro al cpanel de una cuenta cualquiera es,
Ejm:
www.midominio.com/cpanel,
me arroja el sgte aviso,
El certificado de seguridad del sitio no es de confianza.
espero puedan ayudar a entender mejor el tema.
Saludos,