Si el logotipo no es muy complicado de realizar con CSS pues lo haría con CSS de forma que llenaría un <div id="logo"> con estilos CSS y dentro de ese div otros <div class=""> para formas, colores, sombras, etc. y ya generaría el <div id="logo"> con PHP.
Si el logotipo es complicado de realizar con CSS porque es una imagen con muchos detalles, entonces guardaría la imagen en una carpeta y la pondría como background a un <div> (así evitaría que utilizaran el enlace del src de un img en un ambiente externo a la web), y generaría el div con PHP, en el supuesto de que no hubiera exigencias de diseño adaptativo/responsive design.
Si el logotipo es complicado de realizar con CSS porque es una imagen con muchos detalles,
entonces trataría de utilizar SVG y/o Javascript en el supuesto de que hubiera exigencias de diseño adaptativo/responsive design.
Esas son las tres opciones que conozco. Tal vez alguien pueda aportar más :)