fecha por usuario es mayor a la fecha actual

[Alexis88]

Cuando deseas ejecutar más de una línea de instrucción dada una condición, debes de colocar llaves de apertura y cerrado.

Código Javascript:

if (Date.parse(sFechaFin) > dtFechaActual){
    alert("La fecha de factura no puede ser mayor a la fecha actual."); 
    return false;
}
 

Por otra parte, Date.parse, devuelve la cantidad de milisegundos transcurrido desde las 00:00:00 del 1 de enero de 1970 hasta la fecha indicada, mientras que Date, sin aplicarle alguno de sus métodos, va a devolver una cadena con esta forma:

Código Date object:

Wed May 21 2014 14:41:19 GMT-0500 (Hora est. del Pacífico de SA)
 

Entonces, la condición nunca se cumplirá. Para obtener el valor equivalente al que obtienes con Date.parse, debes utilizar el método getTime().

Código Javascript:

if (Date.parse(sFechaFin) > dtFechaActual.getTime()){
    alert("La fecha de factura no puede ser mayor a la fecha actual."); 
    return false;
}
 

Y en cuanto a la cancelación del envío de datos del formulario, en lugar de usar el return false, preferiría hacerlo con el método preventDefault(), más o menos de esta forma:

Código Javascript:

var formulario = document.getElementById("formulario");
 
formulario.addEventListener("submit", function(event){
    event.preventDefault(); //Cancelo el envío
 
    var dtFechaActual = new Date(),
        sAnioFin = document.formulario.anno.value,
        sMesFin = document.formulario.mes.value,
        sDiaFin = document.formulario.dia.value,
        sFechaFin = sMesFin + "/" + sDiaFin + "/" + sAnioFin; 
 
    if(Date.parse(sFechaFin) > dtFechaActual.getTime())
        alert("La fecha de factura no puede ser mayor a la fecha actual.");
    else
        this.submit(); //Si todo está bien, envío el formulario
}, false);
 

Quita el atributo onsubmit del formulario, elimina (o comenta) la función que hiciste y prueba con esta solución.

Saludos