Ya lo resolví (por si a alguien le sirve)
Código PHP:
$conexion = ADONewConnection('odbc_mssql');
if (!$conexion) die("Connection failed");
//SE DEJA DATABASE DECLARADO DE ESTA MANERA PARA NO REFERENCIAR A NINGUNA BASE DE DATOS EN ESPECÍFICO
$datos = 'Driver={SQL Server};Server=Servidor;Database=';
if (!$conexion->Connect($datos,"","")) die ($conexion->ErrorMsg());
return $conexion;
Entonces, la consulta queda:
Código PHP:
$consulta=$conexion->Execute("SELECT * FROM base1.dbo.tabla1 B1, base2.dbo.tabla1 B2 WHERE B1.campo1=B2.campo1");
(No olvidar el dbo si se trabaja en sql server ya que si no, la aplicación dice que el objeto no existe cuando haga la consulta)