Cita:
Iniciado por SathyaSanles 
A ver, tenés que instalarlo en la carpeta de tu proyecto ejemplo:
Ruta Proyecto:
/var/ruta/ruta/ruta/proyecto/
Ruta servidor Node:
/var/ruta/ruta/ruta/proyecto/server/server.js
Ruta Carpeta
/var/ruta/ruta/ruta/proyecto/server/node_modules/
Dentro de esa carpeta tenes que tener una carpeta algo asi:
/var/ruta/ruta/ruta/proyecto/server/node_modules/mysql/
Que contiene todo, bueno, si tu server.js esta en la base de tu proyecto, tu carpeta node_modules tiene que estar dentro de esa carpeta es decir:
/var/ruta/ruta/ruta/proyecto/node_modules/
Eesto se entiende?
Ahora si es asi, como ejecutas el servidor?
asi?
node /var/ruta/ruta/ruta/proyecto/server.js
Si es así no tiene por que fallar!
si te entiendo, al correr cualquier servidor que no implique mysql mi archivo server.js funciona perfectamente incluso lo puedo correr con un demonio el problema es cuando requiero mysql