Pues al procesar la ultima linea le pega tambien "\r\n" y ahi el problema :)
Código PHP:
Ver original<?php
$list = fopen("lista.txt","r"); $salida = fopen('wtf.txt','w');
// Aca procesas lo que necesites, linea a linea
{
}
for ($i=0;$i<$cant-2;$i++)
{
fwrite($salida, $lines."\r\n"); }
fwrite($salida, $lines[$cant-1]);
// El archivo "lista.txt" no tiene ninguna linea en blanco al final de todo.