Código PHP:
Ver original<?php
 
$f_users = 'usuarios.txt';
 
// leo el archivo, voy a simularlo:
 
// simulo archivo
$file = <<<'FILE'
jesus:3124:2015-06-03
jovy1:5254:2015-06-03
jovy2:6485:2015-06-03
jesus:3124:2015-06-03
jovy3:6592:2014-05-27
FILE;
 
// simulo lectura por lineas del archivo
 
foreach ($lineas as $linea)
{
    {
        $out[] = $linea;
        $users[] = $user;
    }
}
 
// lo siento, me facilita la visualizacion :)
function debug($arr){
}
 
debug($out);
 
// vuelvo a escribir el archivo
  
El resultado es:  
 Cita:  Array
(
    [0] => jesus:3124:2015-06-03
    [1] => jovy1:5254:2015-06-03
    [2] => jovy2:6485:2015-06-03
    [3] => jovy3:6592:2014-05-27
)
    ----
Otra opcion es no generar un nuevo array sino borrar los elementos que no quieres ahi, consumiria menos memoria pero mas tiempo porque los desplazamientos en los arreglos son costosos :)    
Código PHP:
Ver original<?php
 
$f_users = 'usuarios.txt';
 
// leo el archivo, voy a simularlo:
 
// simulo archivo
$file = <<<'FILE'
jesus:3124:2015-06-03
jovy1:5254:2015-06-03
jovy2:6485:2015-06-03
jesus:3124:2015-06-03
jovy3:6592:2014-05-27
FILE;
 
// simulo lectura por lineas del archivo
 
foreach ($lineas  as $ix => $linea)
{
    {       
        $users[] = $user;
    }else
}
 
// lo siento, me facilita la visualizacion :)
function debug($arr){
}
 
debug($lineas);
 
// vuelvo a escribir el archivo
  
Nota en la ultima version no creo el array $out sino uso unset() para eliminar elementos del array $lineas