Supongo que tiene que ver más bien con a luz que genera un fondo blanco. Obviamente en libros electrónicos y en papel, donde no existe tal luz, esto no ocurre. Yo suelo usar mucho
Writer Pro y, como otros tantos programas, por defecto viene con fondo blanco y luego tiene un modo nocturno, donde el fondo es negro. Y esto será así también por la luz que genera un fondo blanco en una pantalla, que de noche, es aún más intenso por la falta de luz natural.
Yo siempre usé fondo blanco, luego con TextMate me acostumbré al fondo oscuro y así lo tengo en SublimeText. Entonces, si te cansa la vista el fondo claro usa el fondo negro. Al final es más bien una cuestión personal, aunque supongo que la mayoría usaremos un fondo oscuro que, además, es más
geek.
Por otro lado, el bloc de notas no está pensado para un uso intensivo, así que venga como venga no quiere decir mucho.