El problema no está en la etapa de la query, sino muy probablemente en el momento en que muestras los datos obtenidos.
Si
Cita: SELECT ID FROM comerciantes WHERE codigo_postal IN (30153)
corriendolo en phpMyadmin devuelve dos registros, los mismos registros obtendrás en la aplicación. No debe haber diferencias. Por consecuencia el error está en otra parte.
Postea la parte del script donde muestras la información obtenida.