Ok, ok, en mi último comentario mostraba otro problema con las variables globales. Y ya vi cuál es el problema de todo.
Por un lado,
Italico76 comentó hace un rato que los includes no tienen nada que ver, a menos que mediante ellos se metiera más JS. Y éste es el caso, así que era posible que sí tuvieran algo que ver.
Por otro lado, resulta que si la función tiene el mismo nombre que la variable que se quiere declarar como global, la cosa va mal. Por eso en el código que puse en el último comentario que hice, no funciona el javascript.