WooCommerce tiene bastantes actions y filters para agregar funcionalidades extra, en tu caso te pueden ayudar alguno de estos:
Código PHP:
Ver originalwoocommerce_checkout_init
woocommerce_checkout_order_processed
woocommerce_checkout_process
woocommerce_checkout_update_order_meta
woocommerce_checkout_update_user_meta
La lista completa la puedes encontrar aquí
http://docs.woothemes.com/document/hooks/#section-5