sincronizar dos tablas mysql separadas

[estrella_de_Galicia]

Hola.

Tengo una duda para realizar un proyecto web php y MySQL.

Tenemos dos bases de datos totalmente independientes y que no se pueden conectar entre ellas.

Son dos aplicaciones:
APPext - Aplicación externa que esta en la nube.
APPInt - aplicación interna que es la base de datos principal.

bien, yo había pensado que en APPExt, se generen ficheros CSV con los registros insertador y desde APPint los recogiera y procesara via FTP pero esto me funciona si la información es unidireccional, pero si necesito que desde APPext se pueda consultar unos registros ya no lo veo tan claro.

He encontrado esto:
http://www.avargas.info/index.php?option=com_content&task=view&id=9&Itemid =1

Pero NO me sirve, puesto que los servidores MySQL no se pueden ver.

¿Hay alguna forma de sincronizar dos tablas y mantener en APPext los índices de APPint ???

No se si me he explicado bien

Gracias de antemano