relacionar 3 tablas (usuarios, mensajes privados)

[Macf]

No se como ayudarte en lo que preguntas, he empezado hace relativamente poco con esto y no estoy capacitado para responder a tu pregunta.

No obstante en lo que dices de mensajes enviados y recibidos si no he entendido mal van a tener a priori los mismos mensajes, pero vas a borrarlos según los borre el emisor y el receptor, si es así me parece que es un desperdicio de recursos importante el duplicar los mensajes.

Yo haría 1 sola tabla de mensajes (en lugar de las 2 tuyas) con 2 columnas mas (además de las que ya tienes) , borrado_emisor y borrado_receptor de tipo tinyint (1) para poner 0 o 1 según lo hayan borrado.

Por si no me he explicado con claridad por defecto los 2 campos tienen 0 (false en php) y si uno de los dos borra el mensaje pasa el campo en cuestión a 1 (true en php) así tu puedes no mostrarle ese mensaje al usuario que lo haya borrado pero sigue existiendo para que si le salga al que no lo ha hecho, y si el otro decide borrarlo los 2 campos se quedarían en 1, y ahí ya decides dejar el mensaje en la DD (aunque no se les muestre a ninguno de los 2 usuarios) o borrarlo de la DB, me parece bastante mas eficiente que tu forma, pero vamos que igual me equivoco, que nos iluminen alguno de los expertos que pululan por el foro ;D