En la mayoría de programas de captura de pantalla puedes elegir si guardas la pantalla completa, solo una parte o el contenido de una ventana; supongo que esto mismo es lo que requieres.
También es posible guardar el audio, solo debes especificar el origen.
Como ejemplo, en el enlace que te dejó
Rafael está esta imagen:
![](http://i.emezeta.com/weblog/capturar-pantalla-video-screencast/istanbul.png)
Donde se ve que sirve para lo que necesitas.