Yo sólo digo que instalé Win2000 en NTFS en un disco de 10 GB. Iba más lento a no poder, total que lo formateé y lo instalé en FAT32 y ya fue a su velocidad normal.
Pero no digo con eso que NTFS sea malo, solo que a mi no me funciono como esperaba.
Sin embargo tengo XP en un disco de 40GB bajo NTFS y tira a la perfección