La respuesta correcta es que depende. Depende de si las modificaciones que se hagan en un PC han de poder verlas el resto de máquinas. Si la respuesta es no, obviamente lo mejor es cada maquina con su servidor local. De esta manera ganas en seguridad (nadie puede ver datos de otros) y realmente separas instalaciones. Si la respuesta es que las modificaciones de una maquina influyen en los datos que el resto ha de ver, la mejor opción sin duda es tener una única base de datos.
En el caso de la última opción, existen dos opciones, hacer uso de la tecnología RMI o realizar directamente las peticiones contra el servidor externo. La ventaja de usar RMI es que estás implementando el
patrón Facade, de forma que tu aplicación usa RMI para obtener los datos "de una fuente", sin necesidad de que la aplicación sepa si se trata de un MySql, un servidor Oracle o donde se encuentran estas BBDD.
Fuera aparte de que al usar RMI estás usando el
patrón de diseño Facade, al separar la BBDD en otra máquina usas lo que se llama una
arquitectura N-Tier.