Es porque cuando vienes a utilizar las variables ya ha terminado de correr el bucle y está en el último elemento. Lo que tienes que hacer es colocarlo dentro del bucle.
Código PHP:
Ver original<?php
$fecha= $row['fecha'];
$id=$row['idUsuario'];
?>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
var usuario= <?php echo $id; ?>
var ini=new Date(<?php echo $sqldate; ?>);
anio1= ini.getFullYear() + ',' + ini.getMonth() + ',' + ini.getDate();
var fecha=new Date();
var anio=fecha.getFullYear();
var mes=fecha.getMonth()+1 ;
var diames=fecha.getDate();
nueva_fecha1 = new Date(fecha);
fecha1 = nueva_fecha1.getFullYear() + ',' + nueva_fecha1.getMonth() + ',' + nueva_fecha1.getDate();
</script>
<?php
}
?>