Gracias a los dos por responder.
Por lo que he leído estoy de acuerdo con pzin, es una práctica bastante habitual poner el nav dentro del header. A pesar de ello, he intentado, tal com dices, temerariomalaga, ponerlo como una etiqueta independiente, en el body, y el comportamiento es el mismo.
Pzin, he añadido el clear:both. Cuando lo miro con el firebug se arregla el problema, en cambio, si lo miro con el Chrome, no sé como se llama, el nav no lo marca correctamente.
De este problema me he dado cuenta por lo siguiente: el texto que aparece a la parte inferior del menú, está dentro de las etiquetas <section><article>.
Si quiero que el texto quede un poco separado del menú, donde tengo que indicarlo, el margen de la parte inferior del menú o de la parte superior del article?
Pruebe lo que pruebe no lo consigo.
Además, no entiendo una cosa: si tengo la siguiente estructura:
Cuando con el firebug marco header, debería seleccionarme el header y el nav
Cuando con el firebug marco section, me marca todo. No debería marcarme sólo el article y footer?
Gracias