No quiero repetirme con lo que te han dicho ya, pero ten en cuenta una cosa, wordpress ya esta maduro y si decides empezar a realizar un CMS propio te vas a encontrar con todos los problemas actuales que tiene wordpress mas los que ya tiene resueltos.
Las funciones o clases que crees tendran un menor rendimiento que las que posee wordpress.
Si no eres capaz de modificar wordpress para que haga lo que deseas, tendras los mismos problemas con tu CMS, mas los que no sepas ni siquiera que existen.
Cuando haya algun cambio importante wordpress se actualizara automaticamente o te dara la opcion de hacerlo a mano, cosa que con tu cms tendras que documentarte y crear tu un parche para tu sistema.
Al utilizar wordpress en una cantidad de servidores desorvitada, te daras cuenta que los errores de cualquier tipo salen a la luz antes que con tu sistema.
Esas son algunos de los motivos por los que deberias usar un CMS maduro en vez de usar uno propio.
Cita: Una opcion que deberias tener en cuenta es usar wordpress como framework, con lo que podrias usar todas las caracteristicas que posee aparte de integrarle tu las tuyas propias.
Podrias integrar al framework wordpress, prestashop, drupal, etc.... "Siempre que no te creen conflictos entre ellos, y luego usar las caracteristicas de cada CMS que se adapte a tus necesidades.
Cita: Como nota final te dire que usar un CMS como wordpress te permitira centrarte en diseñar tu proyecto, sin tener que estar pensando en como hacer un sistema de login, un gestor de plantillas, un back-end seguro y un largo etc que ya tienes disponible sin tener que escribir ni una linea de codigo.