Hola:
Sé poco sobre canvas, pero algo más sobre svg, y como el tema era sobre canvas no he contestado...
Al respecto de obtener puntos, para no tener problemas, en mi capturador de áreas:
Capturar áreas en imágenes, he optado por poner la imagen en un input y enviar el formulario a un iframe, también se puede poner la imagen en un iframe en la coordenada 0,0, y la captura es trivial.
Para dibujar puntos con svg, se usa una etiqueta line, y como etiqueta se puede borrar con removeChild, u ocultarla con estilos...
La creación de tags en svg es muy fácil también...
Aunque no esté dando respuestas, espero que sea útil mi aporte.
Saludos
