Una pregunta...
El contenido de ese txt lo imprimes en una web? o sea, pasa a html?
Pienso que php si tiene en cuenta las tabulaciones, pero html se lo come.
Cuando imprimas la variable, hazlo con la etiqueta <pre>
o sea echo '<pre>'.$variable.'</pre>';
Pre lo que hace es mostrarlo "tal cual", no hacer caso a las limitaciones del html en cuanto a formateo se refiere
Suerte!