A ver porque primero preguntas una cosa y al desarrollar la pregunta es otra distinta. Cambiar de servidor no debe afectar siempre que no cambies a un hosting que funcione mal. Pero no es lo mismo un servidor que un dominio y menos aún es lo mismo cambiar de dominio que empezar de nuevo en otro con el mismo contenido.
Aunque esto último no lo he terminado de entender bien. ¿Vas eliminar el dominio que ya existe o mantener ambos?