proba con firebug, a ver si tira algun error.. en egenral cuando hay un error js se corta todo el js.. por ahi hay algun error.. en el medio.. posiblemente algun nombrecampo, nombrecarpeta vacio..
otra cosa.. que veo.. es pone el un
Código:
window.onload=function(){
opener.document.form1.<?php echo $_POST["nombrecampo"]; ?>.value="<?php echo $nombre_archivo; ?>";
self.close();
};
yo te recomiendo que veas de hacerlo con ajax..