Lo que te dice Alexis88 es la solucion, para evitar quitar algunas etiquetas solo debes utilizar el segundo parametro de la function strip_tags (lee el link que puso Alexis88 de dicha function para mas informacion), con el cual solo debes indicar cuales funciones debes utilizar y cuales no!
Código PHP:
Ver original<?php
$text = '<p>Test paragraph.</p><!-- Comment --> <a href="#fragment">Other text</a>';
echo "\n";
// Permite <p> y <a>
?>
El resultado de los ejemplos serían:
Test paragraph. Other text
<p>Test paragraph.</p> <a href="#fragment">Other text</a>