Hola:
Más o menos se trata de poner una capa al final del body con posición absoluta, y que abarque toda la página (top y left a cero y width y height al 100%)... luego otra capa con el mensaje que quieras... si pasas del explorer podrías usar position fixed... pero mi consejo es que lo primero es que la página sea accesible, y luego, si está javascript, ir modificando eventos y vistas...
Saludos