La verdad nunca usé el módulo 'tables' pero he usado módulos externos y los he instalado y cuando pasé mi programa a .exe no tube problemas.
Pero cláro acá el tema está en algo muy similar a lo que me pasó cuando cambié mi version de wxPython, yo tenía la 2.8 y la cambié a la última 3.0 y por más que la 3.0 estaba disponible para Python 2.7, me daba un error similar al tuyo.
Creo que el problema es que has bajado una versión incompatible con la version de tu Py, creo que ese es el problema porque mirá el error que te daba antes:
get_pytables_version
osea al parecer es un problema con la versión, prueba a corroborar que la que bajaste e instalaste sea la adecuada!!
Disculpa que no pueda darte más ayuda, soy muy novato todavía.
PD: Podés usar otro compilador para pasar tu programa a ejecutabe (.exe), quizás el problema es de py2exe, utilizá el PyInstaller que está bastante bueno también.
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