Código PHP:
BufferedWriter parametrosEntrada = new BufferedWriter(new FileWriter("c:\\parametros_entrada.txt", true));
parametrosEntrada.write("texto a excribir");
parametrosEntrada.close();
Yo con eso escribo archivos, si no existe me lo crea, y si existe solo me añade informacion extra. Como sera ejecutado de forma recurrente, seria bueno tener adelante la fecha, por ejemplo 20140403_nombreArchivo.txt.
Asi te aseguras que escriba nuevos archivos.
saludos!