Hola Zokor.. mira... ciertamente tienes que instalar el Net framwork en la makina del cliente....

, ya que es algo parecido a Java.. que para poder ejecutar los applets necesitas la makina virtual.
Ahora... en cuanto a la instalacion... checa primer en que makina deseas instalar la aplicacion... si es windows 98, 2000, etc... porque es necesario tener el windows installer...(lo puedes incluir desde el setup de tu aplicacion)
Saludos . . .