Usa la función
wp_hash_password la documentación dice:
Cita: Creates a hash of a plain text password. Unless the global $wp_hasher is set, the default implementation uses PasswordHash, which adds salt to the password and hashes it with 8 passes of MD5. MD5 is used by default because it's supported on all platforms. You can configure PasswordHash to use Blowfish or extended DES (if available) instead of MD5 with the $portable_hashes constructor argument or property (see examples).
For integration with other applications, this function can be overwritten to instead use the other package password checking algorithm.
y el código que realmente hace la encriptación es la clase
class-phpass.php
Yo en lugar de tratar de recrear las funciones usaría directamente la clase y tratar de hacerla funcionar bajo tu sistema.