Lo mejor es que nos muestres como está formado la sintaxis del archivo que sacarás la información para tener una mejor idea. Otro punto que me parece importante, es que dices que es un archivo bastante grande (por el número de columnas), así que te recomendaré que leas esto para que tu aplicación sea optima.
http://stackoverflow.com/questions/3...e-reading-in-c
Hay bastantes técnicas para "parsear" de forma rápida y optima, es cuestión de saber como aplicarlas al contexto.
Saludos.