Pues no veo que sea un problema de
background-size
sino del tamaño de los contenedores. Al verlo en el ordenador y reducir el ancho del navegador ocurre la misma cosa.
Como está todo un poco loco el tema del posicionamiento, con posicionamiento absoluto y demás yerbas extrañas, vaya a saber si JavaScript también...
Si quieres que cada sección ocupe el total de la pantalla, del
viewport, entonces simplemente haz que
body
mida el 100%*N, donde N es el número de secciones, y luego cada sección que ocupe 100%/N, ¿no?
Normalmente en sitios con diseño responsivo se suele desactivar el zoom del móvil, no debería de servir para mucho en sitios así.