Supongo que abrir el archivo y todo eso sabes hacerlo, asique me lo ahorro, te pongo el loop for a modo de ejemplo
Código:
x = 0
for linea in archivoInicial:
if x == 0:
archivo1.write(linea)
x=1
else:
archivo2.write(linea)
x = 0
Con la variable X vas alternando entre un archivo y otro, la sintaxis y eso no se si esta correcta lo he escrito al momento, espero que captes la idea.
Un saludo