Estimado (a)
Para realizar eso tendrás que hacer lo que tu dices, separar las categorias por un div, ya sea en un index.php o en un front-page.php.
El secreto esta en loop ya que para cada categoría deberás crear un loop con su llamada a la categoría correspondiente, como consejo utiliz el WP_Query();
<div>
Wp_Query ('category_name=categoriaX1&posts_per_page=3')
</div>
<div>
Wp_Query ('category_name=categoriaX2&posts_per_page=3')
</div>
<div>
Wp_Query ('category_name=categoriaX3&posts_per_page=3')
</div>